A lo largo de su carrera el Dr. Juan Falconi Puig ha ejercido varios cargos públicos y privados importantes:
En Diciembre de 1976 fue Secretario de la Municipalidad de Guayaquil.
En marzo de 1981 fue elegido Vicepresidente de la Cámara de Comercio Internacional de Ecuador.
En abril de 1985 fue nombrado Conjuez Permanente de la Corte Superior de Justicia de Guayaquil.
En 1991 fue nombrado Ministro de Industria Y Comercio, en el Gobierno del Dr. Rodrigo Borja Cevallos, en cuya calidad fue Presidente de la Corporación Andina de Fomento y del Grupo Andino. Entre sus más importantes aportes como Ministro de Industrias, estuvieron el Reglamento a la Ley de Defensa del Consumidor, y la aplicación de la Maquila y la Ley de Zona Franca, concebidas como herramientas de desarrollo industrial y comercial, y para combatir el desempleo. La reforma Arancelaria, en su etapas II y III; la reforma en materia de inversión extranjera en el ámbito andino, así como reformas para asegurar el libre mercado. Los proyectos concebidos en el Ministerio de Industrias, se convirtieron luego en leyes aprobadas por el Congreso y/o la Comisión del Acuerdo de Cartagena (Órgano legislativo del Grupo Andino); y mantuvo a Ecuador con una participación destacada dentro de la Comunidad Andina, en aspectos como la Zona de Libre Comercio y la Unión Aduanera, entre tantos otros.
En Octubre de 1992 fue nombrado Presidente de la Cámara de Comercio Internacional Comité Nacional del Ecuador.
En Junio de 1999, fue nombrado Conjuez Permanente de la Excelentísima Corte Suprema de Justicia.
En Octubre del año 1999, fue Secretario de Estado de la Producción, Presidente de la Corporación Financiera Nacional, Presidente del Consejo de Comercio Exterior e Inversiones (Comexi); y, posteriormente, en mayo de 2001, Superintendente de Bancos, desde donde investigó y denunció los fraudes en la Banca.
En Junio del 2013, fue nombrado Embajador Extraordinario y Plenipotenciario del Ecuador ante el Reino Unido de Gran Bretaña e Irlanda del Norte.
En Marzo del 2015, fue nombrado Embajador Extraordinario y Plenipotenciario Representante Permanente de la República de Ecuador ante la Organización Mundial del Comercio con sede en Ginebra-Suiza.